Lėšų skyrimas įstaigos persikraustymui maždaug per mėnesį buvo užbaigtas, tad skirtus pinigus imtasi naudoti. Lapkričio 3 d. vysk. M. Valančiaus raštas Kauno gubernatoriui liudija, kad Vilniaus generalgubernatorius paskyrė lėšas Telšių vyskupinės seminarijos pervežimui, o Kauno gubernijos statybinė komisija pageidauja šio pervežimo reikalus per varžytines atiduoti žydams. Kadangi Seminarijos valdyba pati galinti tvarkyti auklėtinių ir kilnojamosios nuosavybės pervežimą, gubernatorius prašomas vyskupui perleisti seminarijos daiktų pervežimui iš Varnių į Kauną paskirtus pinigus. Po trijų dienų, sužinojus, kad dalyvaujant Gubernijos valdybai, buvo sušauktos norinčiųjų užsiimti šiuo pervežimu varžytuvės, vysk. M. Valančius į gubernijos valdžią kreipėsi dar sykį ir prašė šiam pervežimui per varžytuves paskirtas lėšas perleisti jam, kad jo nuožiūra pervežimas būtų surengtas ūkiškai dar iki numatyto šiam reikalui laiko pabaigos ir be jokių nemalonumų, kurių su rangovais išvengti nepavyktų Žr. ten pat, b. 110, l. 437–439. .
Iš šių ir vėlesnių raštų matyti, kad vysk. M. Valančius stengėsi ne tik kontroliuoti seminarijos perkėlimo reikalus, bet ir juos paveikti. Lapkričio 8 d. raštu gubernijos valdžia pranešė, kad prieš keturias dienas surengtose varžytuvėse seminarijos turto pervežimas iš Varnių į Kauną sutartas už 2649 rublius su Vilniaus 1-osios gildijos pirkliu Zundeliu Alapinu, o šis apsiėmė sandėrį atlikti už 2000 sidabrinių rublių, tačiau su sąlyga, kad jeigu kas siūlys surengti pervežimą pigiau, būtų surengtos naujos varžytuvės. Vyskupo klausta, ar jis sutiktų imtis pervežimo reikalo ir kokia būtų jo nuomonė apie mažiausią visų daiktų pervežimo kainą. Šio rašto gavimo dieną, t. y. lapkričio 9 d., vyskupas gubernatoriui raštu pranešė, kad seminariją įkurdinant naujai įrengtame vienuolių pastate, bus didelių įsikūrimo ir naujų baldų gamybos išlaidų, nes baldus pervežti iš Varnių neįmanoma, ir sykiu teigė, kad reikia 2649 ar bent jau 2 000 rublių Žr. ten pat, b. 110, l. 443–446. . Taigi ganytojas pervežimo darbus ir už juos skiriamas lėšas norėjo perimti, kad šitaip būtų sutaupyta lėšų seminarijai įsikurti.