Kaip ir šauliams bei aizsargams, kaitseliitams pavyko išsaugoti dalį ginklų ir pasinaudoti tarpukariu susiformavusiais organizacijos socialiniais ryšiais Žr. Dov Levin, “Estonian Jews in the U.S.S.R., 1941–1945,” p. 273–297; Trumpa žydų istorija Lietuvoje, p. 168–169. . Todėl, prasidėjus Trečiojo Reicho ir Sovietų Sąjungos karui, kaitseliitai atgaivino savo organizacinę veiklą ginkluotos partizaninės kovos prieš Raudonosios armijos pajėgas bei sovietų valdžios institucijas Estijoje formomis Žr. Anton Weiss-Wendt, Murder Without Hatred: Estonians and the Holocaust, p. 114–115. . Iki Vermachtui užimant visą šalies teritoriją 1941 m. rugsėjo mėn., kaitseliitai tapo pagrindine vietinių gyventojų ginkluoto antisovietinio pasipriešinimo jėga Estijoje Žr. ten pat, p. 94–107; Estonian Museum of Occupations, “Estonian Citizens in the German Armed Forces,” [žiūrėta 2015 m. rugpjūčio 17 d.]. . Išstūmus Sovietų Sąjungos karines pajėgas iš Estijos, kaitseliitų kovinės grupės buvo sujungtos į Omakaitse tarnybą, kurios kompetencijai buvo subordinuotos ir „ypatingosios užduotys“ Meelis Maripuu, “Execution of Estonian Jews in Local Detention Institutions in 1941–42,” p. 651. . Iki 1941 m. rugsėjo 22 d. vadovavimas Omakaitse tarnybai buvo patikėtas buvusiam Estijos reguliariosios kariuomenės pulkininkui ir buvusiam Kaitseliit centrinio štabo viršininkui Jaanui Maide Žr. Dov Levin, Trumpa žydų istorija Lietuvoje, p. 8–24. . Vėliau Omakaitse veiklą kontroliavo prie Estijos generalinės srities Vidaus reikalų direktorato suformuotas Policijos ir savigynos skyrius (vok. Polizei- und Selbsteverteidigungsbehörde; est. Politsei- ja Omakaitse Valitsus), kuriam vadovavo buvęs Estijos kariuomenės majoras Aleksanderis-Robertas Tilgre Žr. Jaak Pihlak, „Viljandi Linn ja Vabaduse Risti Vennad“, lk. 155. .